Stefano Bottoni si è laureato in Storia contemporanea nel 2001 con votazione 110/110 e lode e dignità di pubblicazione presso la facoltà di Lettere e filosofia dell’Alma Mater Studiorum–Università di Bologna, con una tesi dal titolo Le minoranze ungheresi in Europa centro-orientale 1944-1949. Nel triennio 2002-2004, è stato dottorando con borsa ministeriale in Storia d’Europa. Identità collettive, cittadinanza e territorio nell'età moderna e contemporanea presso il dipartimento di Discipline storiche presso la medesima università. Dottore di ricerca nel 2005 con una dissertazione dal titolo Territorialità e politica etnica in Europa centro-orientale: il caso della Regione Autonoma Ungherese in Romania, 1952-1960, è assegnista di ricerca dal 4 Dicembre 2007 presso il dipartimento di Politiche Pubbliche e Scelte Collettive (POLIS), dell’Università degli Studi del Piemonte Orientale “Amedeo Avogadro”. Attualmente insegna presso la facoltà di Scienze politiche dell’Alma Mater Studiorum–Università di Bologna, ed è ricercatore presso l'Accademia delle Scienze d'Ungheria.